Endodesoxirribonuclease guiada por RNA que se associa às SEQUÊNCIAS CRISPR em STREPTOCOCCUS PYOGENES e outras bactérias, onde participa de função na imunidade adaptativa por meio da clivagem do DNA exógeno de forma complementar ao pequeno RNA GUIA (sgRNAs). Estruturalmente, a Cas9 consiste de um módulo ALPHA-HÉLICE e um módulo nuclease conectado por uma única hélice. O módulo de nuclease contêm dois domínios enzimáticos: o RuvC, que cliva cadeias de DNA que não são alvos e um domínio de nuclease de HNH, que cliva cadeias alvos. A especificidade de alvo de DNA depende da presença de uma sequência de motivos adjacentes protospacer (PAM), uma sequência de DNA de 2 a 6 nucleotídos imediatamente seguintes à sequência alvo de Cas9.